本最高裁判決では、VAT（付加価値税）の還付を求める場合、行政上の請求から訴訟上の請求に至るまで、厳格な時間的制約が適用されることが明確にされています。特に、国税庁長官への還付請求後、120日間の審査期間を経ずに税務裁判所（CTA）に訴訟を提起した場合、CTAは管轄権を欠き、訴えは却下されることになります。これは、VAT還付を求める企業にとって、訴訟提起のタイミングが極めて重要であることを意味します。本判決は、納税者が還付請求を適切に進めるために必要な手順と期間を理解する上で重要な指針となります。

還付請求のタイムリミット：マールベニ事件の教訓

マールベニ・フィリピン社は、2000年第1四半期のVAT還付を求めて国税庁に申請を行いました。しかし、同社は国税庁の決定を待たずにCTAに提訴したため、120日＋30日の期間ルールに違反しました。このルールは、1997年国内税法第112条(C)で定められており、還付請求の手続きにおける重要な要素です。最高裁判所は、この期間を遵守することが義務であり、管轄権の要件であることを強調しました。

この裁判では、マールベニ社がアトラス判決（Atlas Consolidated Mining and Development Corporation v. Commissioner of Internal Revenue）を根拠に、四半期VAT申告書の提出日から2年以内であれば訴訟提起が可能であると主張しました。しかし、最高裁判所は、アトラス判決は本件には適用されず、1997年国内税法第112条(C)が適用されると判断しました。同条項は、国税庁長官が還付請求を受理してから120日以内に決定を下す必要があり、納税者はその決定後30日以内にCTAに上訴できると規定しています。最高裁は、この120日+30日の期間を遵守することが、CTAの管轄権の要件であると明言しました。

SEC. 112.Refunds or Tax Credits of Input Tax.–

(C)Period within which Refund or Tax Credit of Input Taxes shall be Made.– In proper cases, the Commissioner shall grant a refund or issue the tax credit certificate for creditable input taxeswithin one hundred twenty (120) days from the date of submission of complete documents in support of the application filed in accordance with Subsection (A) hereof.

In case of full or partial denial of the claim for tax refund or tax credit, or the failure on the part of the Commissioner to act on the application within the period prescribed above, the taxpayer affected may, within thirty (30) days from the receipt of the decision denying the claim or after the expiration of the one hundred twenty day-period, appeal the decision or the unacted claim with the Court of Tax Appeals.

最高裁判所は、この事件において、納税者が行政上の救済を尽くすことがいかに重要であるかを強調しました。120日間の期間は、国税庁が請求を評価し、決定を下すための十分な時間を与えるためのものです。この期間を尊重することで、納税者は、訴訟に訴える前に、行政上の問題を解決する機会を得ることができます。本件では、マールベニ社がこの期間を遵守しなかったため、訴えは時期尚早として却下されました。最高裁判所はまた、管轄権の問題は当事者によっていつでも提起でき、裁判所が職権で考慮することができると指摘しました。したがって、国税庁が当初、時期尚早の訴えを主張しなかったとしても、CTAは訴えを却下する権限を有していました。

この判決は、VAT還付を求める企業にとって、重要な教訓となります。120日+30日の期間を厳守することは、訴訟上の請求を成功させるために不可欠です。さらに、企業は税法とその解釈の変更に注意を払い、自社の税務手続きが最新の法的要件に準拠していることを確認する必要があります。アトラス判決は本件には適用されず、1997年国内税法第112条(C)が適用されることは、法的解釈が時間の経過とともに変化する可能性があることを示しています。

本判決は、VAT還付請求の複雑さと、関連する法的要件を遵守することの重要性を浮き彫りにしています。企業は、専門家の助けを借りて税務手続きを管理し、自社の訴えが法律に準拠していることを確認する必要があります。本判決は、VAT還付プロセスにおける警戒と適切なタイミングの重要性を明確に示しています。

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出典：Marubeni Philippines Corporation v. Commissioner of Internal Revenue, G.R. No. 198485, June 05, 2017